Fundado por Real Orden de 17 de octubre de 1755 por el rey Fernando VI en el Soto de Migas Calientes, cerca del río Manzanares, Carlos III ordenó el traslado a su situación actual en 1781, al Paseo del Prado, junto al Museo de Ciencias Naturales que se estaba construyendo (actualmente Museo del Prado), en Madrid, España.

Este jardín botánico alberga en tres terrazas escalonadas, plantas de América y del Pacífico, además de plantas europeas.

Suele costar memos de 20 euros por persona